У меня в репозиторий был изначально помещен весь Zend Framework. Чтобы не таскать везде еще и изменения ZF, я вынес его за рабочую папку, из репозитория удалил. Единственным способом удаления и истории файлов ZF является конвертация mercurial репозитория в mercurial репозиторий:)

Вот тут http://mercurial.selenic.com/wiki/ConvertExtension уже все подробно написано.

Что сделал я для своего случая:

1. Прописал подключение Convert extension в файле настроек:

[extensions]
hgext.convert=

Файлы настроек mercurial могут называться по-разному и находиться в разных местах:

(Unix) $HOME/.hgrc
(Windows) %USERPROFILE%\.hgrc
(Windows) %USERPROFILE%\Mercurial.ini
(Windows) %HOME%\.hgrc
(Windows) %HOME%\Mercurial.ini

2. Создал текстовый файл (1.txt), в нем написал:

exclude library/Zend

3. hg convert --filemap 1.txt www www2